Водный этап был вырезан из финальной версии игры. Но не исключено его появление в аддоне или патче. В демо на SXSW 2007, Уилл Райт сказал, что если вырезать подводный этап, то вставка подводных цивилизаций первая вещь для добавления в игру. В водном этапе были рыбы, земноводные и пресмыкающиеся. Существа могли быть покрыты щупальцами, плавниками и другими деталями, как в стадии Существо. Части также бы влияли на существо. Например, если вы поставили много частей оружия, ваше существо было бы агрессивное, поставили ряд социальных частей, и ваше существо будет дружелюбное. Были ли водные монстры, не сообщалось. Плотоядные животные, как и в этапе, существо, могли бы охотиться и убивать других рыб, а травоядные животные могли, есть водоросли. Также тут могли быть и всеядные существа. В водном этапе был запланирован огромный мир с гигантскими подводными горами, глубокими траншеями, равнины и холмами, и т.д. и т.п.